Sono stati  restaurati  diversi manufatti all’interno della chiesa: l’Altare del SS.mo Crocifisso,  l’Altare di Santa Maria della  Consolazione, situati rispettivamente nella navata sinistra e in quella destra. Entrambi sono scolpiti in pietra locale (calcarenite),  con tracce di coloriture  visibili sulle sculture e  sulle modanature architettoniche, e  con  decorazioni ad affresco  presenti  negli ambienti ad essi retrostanti.
Hanno ricevuto trattamenti conservativi i rivestimenti delle due colonne  e la grande cornice dorata nell’altare Maggiore della navata centrale; ed inoltre diverse cornici lignee dorate,  parti residue di una grande macchina d’altare in legno dipinta e dorata pertinente l’altare di S. Giuseppe, nonché due sportelli in legno rivestiti da lamina di ottone, pertinenti  l’andito  della cappella con l’altare del Crocifisso. 
Nel corso dell’intervento sono  inoltre stati schedati, documentati e restaurati 160 frammenti di decorazione ad affresco,   provenienti da scavi eseguiti in passato negli ambienti ipogei della chiesa; in accordo con la Soprintendenza, i frammenti sono stati temporaneamente ricoverati nei depositi del Museo Diocesano della Curia.

Carattere degli interventi

In occasione dei lavori, oltre alle operazioni di  restauro,  sono  state condotte indagini diagnostiche volte a determinare l’origine e la natura dei contaminanti presenti sulle superfici e, parallelamente, è stato effettuato il monitoraggio delle condizioni ambientali. E’ stato, inoltre fatto uno studio dei materiali costitutivi e dei prodotti di  alterazione legati  all’incidenza dei diversi fattori di deterioramento.
Per le parti lapidee, l’intervento si è concentrato, in fase iniziale, nella rimozione meccanica dei sali dalle superfici, evitando l’uso di acqua, mezzo potenzialmente molto dannoso nelle condizioni ambientali rilevate.  Solo per la disinfezione dei microrganismi è stato utilizzato un prodotto biocida a base acquosa.  
Le ulteriori operazioni di restauro sono   consistite nel consolidamento e nella stuccatura   realizzata principalmente per mettere  in sicurezza  le parti in precaria stabilità.  Gli intonaci di rivestimento delle colonne dell’altare Maggiore,  seriamente compromessi a causa delle ingenti efflorescenze saline, sono stati bonificati e risarciti.
Il restauro dei reperti lignei è stato indirizzato al loro consolidamento, ma è stato tuttavia  l’occasione per riscoprirne le preziose finiture: la lamina metallica degli sportelli ha ricevuto  una pulitura che ha rimesso in luce l’originaria doratura. 
Tutti i reperti lignei  restaurati sono stati posti in contenitori adatti alla loro conservazione, in attesa di essere trasferiti in ambienti museali.
Le decorazioni parietali dell’ambiente retrostante l’altare del Crocefisso sono state rimesse in luce, rimuovendo spessi strati superficiali composti  di agglomerati di sali frammisti a resti di svariate ridipinture.
Nella cappella di san Canione, nel retro dell’altare di Santa Maria della Consolazione, le spesse e continue  patine di sali sono state rimosse superficialmente, per controllare la velocità di formazione. 
Le osservazioni condotte durante i lavori hanno fornito tutti gli elementi utili  alla definizione del piano per controlli, manutenzioni  e restauri futuri.